Хотел найти способ отметить фигуры как "элитные" или дифференцировать модели в отряде, при этом всё ещё имея возможность наслаждаться чистыми основаниями.

Я использовал следующие базы в качестве замен.
http://www.litko.net/products/Clear-Miniature-Bases%2C-Circular-25mm.html#.WIvWLPkrKiM

Есть небольшая выемка, которая не позволяет основанию полностью провалиться внутрь и обеспечивает ровное расположение верхней части основания по отношению к верхней части фигурки. Основания плотно прилегают, и у меня пока не было случаев, когда они отваливались при поднятии фигурки. Я нажимаю на основание снизу, чтобы вытащить его.

Как вы можете видеть на картинке, недостаток заключается в том, что маркеры приводят к тому, что фигура немного превышает размер квадрата карты из базовой игры.

Мне также пришлось помочь сделать отверстия более заметными в зонах клиньев, используя наконечник напильника.