В 1975 году я создал проводной макет, трассировку альфа-углерода, белка, связывающего кальций в мышцах карпа, используяПьянка Байрона.. Я подумал, что Thing-O-Matic позволит мне намного легче построить ту же модель. Я начал с программы из Университета Иллинойса.VMD, который отображает структуры белков различными способами и выводит STL-файлы. Хотя мне удалось создать модели с помощью представления "трубка" в VMD, я не смог напечатать представление "трассировка" альфа-углерода.

Затем я нашёл openSCAD. Всё, что нужно сделать, это предоставить openSCAD правильно ориентированные сферы и цилиндры и позволить ему творить своё волшебство. Он создаёт красивые альфа-трассировки, которые очень похожи на проводную модель. Кроме того, предоставленный файл openSCAD можно легко модифицировать для создания моделей "шар

Входные файлы получаются изБанк данных о белках.и идентифицируются кодом из 4 букв, 5CPV для белка, связывающего кальций в мышцах карпа. Makescad.f - это программа на Fortran, которая выводит вызовы модуля openSCAD. Вставьте выходной файл в makealpha.scad и запустите его. На моей машине makealpha.scad потребовалось два часа для рендеринга, а для печати полученного увеличенного

Маленькие белки легче синтезировать. Два предоставленных STL-файла содержат нейротоксин зелёной мамбы, 1FAS, и белок, связывающий железо, рубредоксин, 5RXN. Нейротоксин показан слева на нижнем изображении, а белок, связывающий железо, - справа. N-концы белков отмечены синим цветом, а C-концы

Тысячи последовательностей доступны в Банке данных о белках, и если вам нравится более плавная модель, нетрудно очистить представление в виде "трубки", предоставляемое VMD. Обратите внимание, что текущая версияУстановщик.ГНУ Фортран очень прост в использовании. Для установки достаточно двух кликов мышью. Одна команда, введённая в командной строке, компилирует исходный код и создаёт исполняемый файл (gfortran makescad.f -o makescad.exe). Вторая команда с доступным файлом PDB вызывает функции Scad.
(makescad.exe <5CPV.pdb >5CPV.out)

Эксперименты Бендера www.umass.edu/microbio/rasmol/history.htm#bender
VMD www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Банк данных о белках www.rcsb.org
GNU Fortran gcc.gnu.org/wiki/GFortranBinariesWindows

Обновлено 9 октября 2011 года. Makealpha.scad лучше для небольших файлов STL.