En 1975, j'ai construit un modèle en fil, une trace d'atome d'alpha, de la protéine de liaison au calcium des muscles de la carpe en utilisant...L'ivresse de Byron.. Une Thing-O-Matic, pensais-je, me permettrait de construire le même modèle beaucoup plus facilement. J'ai commencé avec un programme de l'Université de l'Illinois.VMD, qui affiche les structures protéiques de différentes manières et génère des fichiers STL. Bien que j'ai réussi à créer des modèles avec la représentation "tube" de VMD, je n'ai pas été en mesure d'imprimer la représentation "trace" du carbone alpha.

Puis j'ai trouvé openSCAD. Tout ce qu'il faut faire, c'est fournir à openSCAD des sphères et des cylindres correctement orientés et le laisser faire sa magie. Il produit de jolies traces alpha qui ressemblent beaucoup à un modèle filaire. De même, le fichier openSCAD fourni peut être facilement modifié pour construire des modèles de billes et de bâtons à partir des coordonnées orthogonales de petites molé

Les fichiers d'entrée sont obtenus à partir duLa banque de données sur les protéines.et sont identifiés par un code de 4 lettres, 5CPV pour la protéine de liaison au calcium des muscles de la carpe. Makescad.f est un programme Fortran qui génère des appels à un module openSCAD. Insérez le fichier de sortie dans makealpha.scad et exécutez-le. Sur ma machine, makealpha.scad a pris deux heures pour rendre et le fichier STL agrandi qui en résulte a pris un peu plus de 4 heures pour impr

Les protéines plus petites sont plus faciles à fabriquer. Deux fichiers STL fournis sont une neurotoxine du mamba vert, 1FAS, et la protéine de liaison au fer, la rubredoxine, 5RXN. La neurotoxine est représentée à gauche de l'image du bas et la protéine de liaison au fer à droite. Les N-termines des protéines sont marqués en bleu et les C-termines en rouge.

Des milliers de séquences sont disponibles à la Banque de données des protéines et si un modèle plus lisse vous plaît, il n'est pas difficile de nettoyer la représentation en "tube" fournie par VMD. Notez que l'actuelleinstallerPour GNU Fortran, il est très facile à utiliser. L'installation nécessite deux clics de souris. Une seule commande saisie à l'invite de commande compile la source et produit un exécutable (gfortran makescad.f -o makescad.exe). Une deuxième commande avec le fichier PDB disponible effectue les appels scad.
(makescad.exe <5CPV.pdb >5CPV.out)

Le déchaînement de Byron www.umass.edu/microbio/rasmol/history.htm#bender
VMD www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
La banque de données sur les protéines www.rcsb.org
GNU Fortran gcc.gnu.org/wiki/GFortranBinariesWindows

Mise à jour le 9 octobre 2011. makealpha.scad permet de créer des fichiers STL plus petits et de meilleure qualité.