Para preparar el gcode, tienes que importar ambas partes al mismo tiempo en el Prusa Slicer con el perfil MMU.

También recomendaría habilitar el planchado porque hace que la superficie superior sea mucho más suave.

Si uno de tus colores es intenso, recuerda aumentar un poco los volúmenes de purga. Por ejemplo, en mi versión amarilla y negra, establecí la purga amarilla en hasta 240 mm3.