Резюме.

Напечатайте каждый кубик отдельно и склейте их в соответствующих вырезах, выровненных так же, как у собранного кубика.
Не забудьте напечатать основание твердым, а остальные - как можно более полыми (я использовал 2 стенки и 10% заполнения).